用于鸟枪法蛋白质组分析的样本可以是细胞、组织及至完整生物体的蛋白质提取液。常用的蛋白酶有胰蛋白酶、Lys-C、Glu-C等,其中胰蛋白酶是最常用的蛋白酶,它可以选择性地从赖氨酸和精氨酸的羧基端(羧基端为脯氨酸时除外),将蛋白质序列进行剪切。如果样本制备过程中必须引入上述助溶剂,则需要在酶解前采用有机溶剂沉淀或SDS-PAGE胶分离等步骤处理蛋白质混合物,以去除助溶剂。常用于鸟枪法蛋白质制备的提取液如8mol/L尿素或10~100mmol/L Tris-HCl,对于易溶蛋白质混合物如分泌蛋白质,可以采用10 ......