五、数字基因表达谱提取

软件cufflinks能够根据tophat软件得到的短序列在参考基因组中的定位信息以及基因在参考基因组中的注释文件，计算出基因的数字表达谱，同时还能计算不同样本间基因、转录本等的差异表达，识别选择性剪切等。使用cufflinks软件的cuffdiff命令能够计算差异表达的基因、转录本、选择性剪切、启动子，以健康样本GSM718707的数据SRR192333，与肺癌样本GSM718710的数据SRR192336为例，基于tophat得到的结果，运行cuffdiff命令cuffdiff Homo _ sapi ......

——《生物信息学理论与医学实践》

书名：《生物信息学理论与医学实践》

栏目：生物信息学理论与医学实践 > 第六章新一代测序数据分析 CHAPTER 6 NEXT-GENERATION SEQUENCING DATA ANALYSIS > 第五节研究实例：基于新一代测序技术的癌症组学研究

作者：李霞

参编：张岩，陈秀杰，陈丽娜，王艳秋，刘磊

页码：279-281

版本：1

出版社：人民卫生出版社

出版时间：2013-01-01

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