流式细胞术的测试结果在仪器内是以荧光强度、前向角散射光强度、侧向散射光强度或其他参量的电压值、电流值来表示。为方便存储、处理、加工、显示,上述电压值、电流值经过多道脉冲分析器和模数转换,可由微处理器编译成一个数据文件。数据存储可以直方图、二维相关数组,或以对每个细胞所测定的全部相关数据以列表(矩阵)的方式存储,此方式称为List Mode。这种方式可同时存储某一被测细胞的3个以上参数。现代的流式细胞仪都配备专用的计算机系统和数据分析软件。下图为含有大量非整倍体细胞G0/G1(2.8N)和G2/M(5.6N ......