真菌(fungi)属真核微生物。该分类中与医学有关的真菌有四个亚门:①接合菌亚门(Zygomycotina)。随着分子生物学深入发展,正在寻找半知菌的分类地位,并认为半知菌的有性期多为子囊菌和担子菌。这些真菌的有性阶段分在子囊菌或担子菌中,但根据国际命名法规,每一个生物的种只能有一个合法的学名。由于它的有性阶段较少见和不重要,因此无性阶段的学名仍被广泛使用。深部真菌则指可侵犯机体各部位、各系统并引起疾病的真菌,如念珠菌属、隐球菌属、曲霉属、孢子丝菌、暗色真菌、毛霉、组织胞浆菌、球孢子菌、副球孢子菌、皮炎芽 ......